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Do século do descobrimento até a metade do seguinte, a Lagoa Rodrigo de Freitas era conhecida pelo nome de Sacopenapã, que significa "Lagoa dos Socós" (ave que se alimenta de peixes, preferencialmente mortos).
Por ordem do rei de Portugal, o Governador Antonio de Salema comprou de Diogo de Amorim Soares uma vasta zona de terras e construiu o Engenho de N. Sra. da Conceição, transferindo-o posteriormente a Sebastião Fagundes Varella.
Dos seus descendentes passaram, o Engenho e as terras, à propriedade de Rodrigo de Freitas Castro, fidalgo da Casa Real, falecido em 1748, quando então, tornou-se Senhora do Engenho, D. Maria Leonor Freitas de Mello e Castro, sua herdeira.
Na segunda metade do século XVIII a lagoa passou a ser chamada, então, Lagoa Rodrigo de Freitas.