Deu nome ao bairro carioca! Não deve ser confundido com o capitão-mór de São Vicente João Pereira de Sousa falecido em 1606. (do dicionario). Teve 8 filhos com Maria da Luz.

Foi capitão-mor da capitania de São Vicente através de uma nomeação do governador D. Francisco de Sousa e, em 1596, levou uma bandeira ao sertão do rio Paraíba (confusão...?). Depoimentos diz que fez uma entrada no sertão entre 1593-4.
Teve pelo menos outras filhas: Maria de Sousa Coutinho e Maria de Sousa Brito
Pela sua bravura militar (ver "aventuras") foi tomado como genro pelo pai da esposa. Saiu de Portugal pelos problemas do pai e família.
Homenagem ao bairro, assim batizado por João Pereira de Sousa Botafogo, lugar-tenente do governador-geral Antônio Salema. Por ter sido ajudante de Salema, Pereira de Sousa ganhou duas semarias, a de Francisco Velho e a de Inhaúma. A primeira na bela enseada que hoje leva seu nome, adotado por seus ancestrais, pela fama do galeão São João Batista, mandado construir pelo rei Dom João II, em 1519. O galeão tinha poder de fogo de 200 peças de artilharia pesada e ganhou o apelido de Botafogo. Os feitos do galeão foram tantos que os nobres portugueses tiraram carta de brasão e armas com o título de Botafogo. (num site de futebol...)

http://www.unisal-lorena.br/folha.html
Em 1560, o governador geral Mem de Sá, tendo expulsado os Franceses da Baía de Guanabara, deteve-se na Capitania de São Vicente e "providenciou para que o provedor Brás Cubas e o mineiro Luís Martins fossem ao sertão a dentro a buscar minas de outro e prata". Os sertanistas percorrem trezentas léguas de sertão em busca de outro e prata. Partindo de São Paulo e passando por Mogy das Cruzes, desceram o rio Paraíba, guiados pelos índios até a paragem de Cachoeira, onde encontraram o caminho que atravessava do litoral para a serra acima e tomando por esse caminho subiram a serra de Jaguamimbaba (Mantiqueira ) , forma à barra do rio das Velhas e correram a margem do rio São Francisco até o Pará-Mirim, donde voltaram pelo mesmo caminho.
Navegando a favor da correnteza nas águas do rio Paraíba do Sul, os paulistas e outros sertanistas e aventureiros atingiam as terras de Guapacaré ( atual Lorena ) e transpondo o rio "antes dele encachoeirar-se ", atravessavam a garganta do Embaú, por onde se transpunha a serra da Mantiqueira e penetravam os sertões mineiros.
As expedições de João Pereira de Souza Botafogo (1596), de Martim Corrêa de Sá e Anthony Knivet (1597), de André de Leão e Wilhelm Glimmer ( 1601), Jerônimo da Veiga ( 1643), Sebastião Machado Fernandes Camacho (1645), de Fernão Dias Paes (1674), atravessaram o Vale do Paraíba, percorrendo o rio e as velhas trilhas, abrindo o chamado "caminho geral do sertão", que ligava a vila de São Paulo aos primeiros núcleos de povoamento nos sertões do Paraíba e daqui às minas dos Cataguás, de Taubaté e da Gerais.
Desde os primeiros anos do século XVII "foi esse caminho senhoreado e freqüentado pelos paulistas, tornando-se a linha de penetração mais importante do Brasil, senão na América do Sul" , até a abertura do "caminho novo de Garcia Rodrigues ", que ligou, diretamente, Rio de Janeiro às Minas Gerais.

Quem dirá o bairro do Botafogo recorda João Pereira de Souza Botafogo, aí morador desde 1590, donde também chamar-se "praia de João de Souza", como dantes era "praia de Francisco Velho", companheiro de Estácio de Sá que, da praia Vermelha ou de Martim Afonso, avançou pela praia da Saudade, costeando o Morro, depois chamado de Matias, do Pasmado, da Azinhaga, começo da avenida Pasteur de hoje, atravessando o rio de Berquó, nome do ouvidor Berquó ou da Banana Podre, onde está hoje o desgracioso e inútil Pavilhão Mourisco, desbravando então, daí, a pequena baía encerrada entre os morros do Pasmado e da Viúva?

http://www.jangadabrasil.com.br/agosto/al120800.htm
Um dos bairros mais antigos é Botafogo, que foi inicialmente habitado por franceses. Estes foram expulsos por Estácio de Sá, em 1565. Então, as terras foram adquiridas pelo morador que deu nome ao bairro: João de Souza Botafogo.

No âmbito da Região Administrativa de Botafogo estão localizadas duas importantes edificações: o Palácio Guanabara, sede do Governo Estadual (localizado em Laranjeiras); e o Palácio da Cidade, sede do Governo Municipal (situado em Botafogo).
http://www2.rio.rj.gov.br/governo/

“testemunha ouvida em 23/06/1627: João de Sousa Pereira, cidadão do Rio, natural de Lisboa, com aprox. 85 anos, filho de Francisco de Sousa Pereira e Ines de Brito de Carvalhais”